如果仅是甲状腺过氧化物酶抗体高，没有合并甲状腺功能的异常，可不用药物进行治疗，定期复查甲状腺功能和甲状腺彩超即可。如果伴有其他异常情况，降低甲状腺过氧化物酶抗体临床并没有较好的治疗方法，没有特效药物可以将抗体水平降下来。但可以通过口服抗甲亢药物、含有微量元素硒的药物，起到一定辅助治疗的作用。
甲状腺过氧化物酶抗体高可以通过抗甲亢药物、甲状腺素制剂、含有微量元素硒的药物进行长期治疗，如甲巯咪唑和丙硫氧嘧啶片、左甲状腺素钠片等，具有一定治疗甲状腺过氧化物酶抗体高的作用。硒酵母片或硒酵母胶囊如果联合左甲状腺素钠片，对治疗甲状腺过氧化物酶抗体高也有着较好的疗效。