阿奇霉素干混悬剂和头孢克肟都属于抗生素，可以抑制细胞壁的合成，干扰细菌、病毒的转录和复制。两种药物所属药物种类、抗菌谱，以及治疗疾病都有所不同，应在医生指导下用药。
1、种类不同：阿奇霉素干混悬剂属于半合成的15元环大环内酯类抗生素，而头孢克肟属于第三代头孢类抗生素；
2、抗菌谱不同：阿奇霉素干混悬剂主要针对革兰氏阳性菌，如金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、溶血性链球菌等，对少数革兰氏阴性菌，如流感嗜血杆菌、卡他莫拉菌也有效。除此之外，阿奇霉素干混悬剂对衣原体、支原体也有较好的杀灭作用。头孢克肟属于广谱抗生素，抗菌谱比阿奇霉素干混悬剂广，对大部分革兰氏阴性菌有抗菌作用，如革兰氏阴性菌中的大肠杆菌、克雷伯菌、沙门菌、变形杆菌等。对部分的革兰氏阳性菌，如链球菌、肺炎球菌等，也有抗菌作用；
3、治疗疾病不同：阿奇霉素干混悬剂主要用于药物敏感菌引发的鼻窦炎、中耳炎、急性支气管炎、慢性支气管炎急性发作，和肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、肺炎支原体引起的肺炎，以及沙眼衣原体等引起的尿道炎、宫颈炎等疾病，对敏感菌引起的皮肤 软组织感染也有一定效果。头孢克肟主要用于敏感细菌引起的支气管扩张合并感染、肺炎、肾盂肾炎、膀胱炎、急性胆道系统细菌感染等疾病的治疗。