自身抗原是指能诱导机体发生免疫应答的自身成分，可分为隐蔽的自身抗原、修饰的自身抗原，这些自身抗原正常情况下不会对自身产生免疫反应。
1、隐蔽的自身抗原：在正常情况下，体内某些组织与免疫系统隔绝，不能激发免疫应答，如晶状体蛋白、脑组织、精子等。手术、损伤、感染等可使此类抗原释入血流或者淋巴道，与免疫系统接触可能会诱导相应自身免疫应答，引发自身免疫性疾病。如人体输精管结扎可能形成损伤而出现抗自身精子的抗体，眼球损伤后晶状体蛋白释放而引起交感性眼炎等；
2、修饰的自身抗原：受病原微生物、辐射、药物等因素影响，自身组织结构发生改变，产生新的抗原决定簇，形成修饰的自身抗原，刺激机体产生免疫应答。如心肌缺血时坏死的心肌可导致抗心肌自身抗体形成，心肌细胞损伤而引起心肌炎等。