全身真菌感染根据真菌入侵程度，可分为浅部真菌感染和深部真菌感染。浅部真菌感染临床症状并不严重，而深部真菌感染可造成呼吸、消化道感染以及泌尿、神经系统感染，临床症状略有不同。
一、浅部真菌感染：
真菌仅侵犯皮肤、毛发、甲床等，此时真菌代谢产物可引起真皮的炎症反应，皮肤上可表现为红斑、丘疹、水疱及脱屑等，并伴随明显的瘙痒感。皮疹向周围扩大时，中心消退，表现为圆形或环状损害，而中心部分后期仍可发生新的皮损。
二、深部真菌感染：
1、呼吸、消化道感染：患者呼吸道感染时，多伴有发热症状，如稽留热或不规则热，早期可出现胶冻样黏稠痰，痰中可见多处针尖状悬浮物，晚期可出现呼吸浅快、困难，甚至有哮喘样发作、咳血等表现。当患者出现消化道感染时，可表现为腹泻、肛周白斑等，还可能出现口腔溃疡、白色假膜、黑毛舌、口臭、口腔疼痛等症状；
2、泌尿、神经系统感染：患者出现泌尿系统感染时，也可出现发热，可见尿混浊、多泡沫等症状，尿离心后镜检可观察出真菌芽孢或菌丝。当患者出现神经系统感染时，可有精神状态的改变，如昏睡、淡漠、一过性意识障碍等。
真菌感染的治疗包括预防治疗、经验性治疗和确诊治疗。预防治疗指机体尚未发生真菌感染前，可在医生指导下给予抗真菌药，如氟康唑、伊曲康唑、两性霉素B等，主要针对血液病中易发生侵袭性真菌感染的极高危患者，如异基因造血干细胞移植患者、急性髓性白血病等。经验性治疗指高度怀疑真菌感染，但还没有确切证据，需要经验性地应用抗真菌药物。确诊治疗指患者的无菌体液或组织病理证实为真菌感染，需要针对真菌具体种类采取特异性治疗。真菌感染的预后与患者的免疫功能状况、治疗时机、感染部位及病情的严重程度等因素有关，一般浅部真菌感染预后较好，深部真菌感染预后相对较差。