艾灸的烟和吸烟的烟不一样。艾灸是以艾叶为主要原料，用艾绒或艾绒制品（艾灶或艾条），点燃之后在体表穴位上或某一部位上烧灼、温熨，借灸火的温热和艾叶的物理作用来治疗疾病的一种方法。其所燃烧的是艾叶，烟雾中含有大量的挥发油、黄酮、鞣酸和长链脂肪烃等物质，这些都是艾叶燃烧产生的稳定化学成分。好的艾条，其艾烟淡白、不浓烈、不剌鼻、气味香。
而吸烟燃烧的是烟草，每支纸烟在燃烧的过程中，烟雾中含有250种以上的有害物质，包括醛类、氮化物、烯烃类，这些物质对呼吸道有刺激作用；尼古丁类物质可刺激交感神经，引起血管内膜损害；胺类、氰化物和重金属，这些均属毒性物质；苯丙芘、砷、镉、甲基肼、氨基酚以及其他放射性物质，这些物质均有致癌作用。吸烟的烟雾中产生有害物质会严重危害健康，不仅会致癌，还会危害身体各个系统的健康。
因此，艾灸所产生的烟雾和吸烟的烟雾完全不同，两者所产生的效果也不同。如果在艾灸时感觉烟雾较大，可以适当开窗通风，使用品质较好的艾条进行艾灸。