肛门到尿道口中间疼痛可能是多种因素导致的，如穿着的内裤不合适，可能会因为过紧而导致上述症状，建议选择棉质、宽松的内裤。另外，也可能是肛周脓肿、尿路感染、前列腺炎等疾病造成的，出现症状后建议患者前往医院查明病因，然后再进行针对性治疗。
1、肛周脓肿：通常是直肠肛管组织受到细菌、病毒感染引起的，当出现肛周脓肿时，可能会因局部牵拉而造成肛门及尿道口周围疼痛。患者可以先用药物进行治疗，如对乙酰氨基酚片、阿莫西林胶囊、罗红霉素片等。如果药物治疗没有效果，可选择手术治疗，并根据是否合并其他疾病来进行不同处理；
2、尿路感染：可能是平时喝水过少，或出现病毒感染而引起的尿道刺激，可导致尿道口疼痛。如果症状不断加重，可累及到肛门部位。尿路感染患者可以通过多喝水、多排尿等方式冲刷尿道，促进炎性物质排出，也可以选择药物治疗，如盐酸左氧氟沙星胶囊、头孢克肟片等；
3、前列腺炎：通常是病原体感染前列腺引起的，当炎性物质排出并刺激尿道口时，就会出现放射性疼痛。前列腺炎患者可以先进行药物治疗，如遵医嘱服用盐酸环丙沙星 片、盐酸左氧氟沙星胶囊，同时搭配对乙酰氨基酚片缓解疼痛。
除上述原因外，如果出现上述问题的是女性，还可能是阴道口疼痛，此时可能是阴道炎等情况引起的。建议及时到医院进行检查，明确病因后进行治疗。