普济痔疮栓的副作用有腹泻、肛门瘙痒等。患者出现药物适应证时可在医生指导下使用普济痔疮栓，不可以私自或盲目增加药量，以免用药不当对身体健康造成影响。
普济痔疮栓是一种中成药，药品类型为清热剂，由熊胆粉、猪胆粉等组成。普济痔疮栓具有清热解毒、凉血止血的功效，可用于治疗热证便血，也可以用于治疗各种内痔导致的便血以及混合痔肿胀等。普济痔疮栓为直肠给药，部分患者在使用药物时可能会出现腹泻、肛门瘙痒等副作用，主要是由于给药时会刺激肠道引起。由于普济痔疮栓的药物成分偏寒凉，部分患者的胃肠道可能比较敏感，则用药后容易导致腹泻，一般不需要太过担心，也不需要做特殊处理，通常停药后会自动消失。
患者在使用普济痔疮栓期间，如果还需要与其他药物同时使用，应先咨询专业医生，以免药物之间发生相互作用。对药物成分有过敏史的患者要禁止使用普济痔疮栓，以免诱发过敏反应。