孕40多天孕囊位置偏低，多数是因为受精卵着床的位置较低。受精卵通常是随机着床，影响受精卵着床位置的因素包括宫腔息肉、宫腔放置了节育器等，但是大部分着床低的孕囊，随着孕周增加子宫增大，跟随子宫延伸上移，孕囊会逐渐回到正常位置，一般情况下影响不大，无须特殊处理，建议孕妇注意多休息，不要太劳累，不建议在孕早期有性生活，定期产检和复查B超即可。
孕40多天孕囊位置偏低相对于位置正常的孕囊，有可能更容易发生流产的情况。孕早期孕囊位置偏低靠近宫颈口，所以更容易受到刺激，特别是性生活的刺激，容易引发流产，一旦出现腹痛或者阴道流血的情况，建议尽快到医院就诊，给予黄体酮保胎治疗。另外，对于孕40多天孕囊位置偏低，到胎盘形成时期可能导致胎盘附着位置也偏低，容易发生前置胎盘，前置胎盘到了孕晚期容易出现无痛性阴道流血，而且也容易发生大出血，是比较危险的，若出现上述情况需及时到医院就诊。
对于出现孕40多天孕囊位置偏低的情况，建议定期产检和复查B超，若随着孕周增加，孕囊位置一直偏低，并且孕囊发育慢，小于正常孕周，这种情况下容易出现胚胎停育，如果B超检查一直看不到胎心 ，可能需要终止妊娠。