孕囊发育不良可能是环境因素、胚胎质量不佳、染色体异常、黄体功能不足、妇科疾病等导致，具体可前往医院就诊检查，明确病因后进行针对性治疗。
1、环境因素：如果所处的环境较差，污染较为严重，或者有很多有毒有害物质，可以影响孕囊发育，孕妇应立即远离此类环境，到环境良好的地方生活。
2、胚胎质量不佳：如果胚胎本身质量不佳，可出现此类情况，不久后可能会停止发育，出现生化妊娠，女性要注意卫生，完善B超检查，为下次怀孕做准备。
3、染色体异常：胎儿染色体异常可影响正常的发育，不仅会出现发育不良，还可出现畸形，需进行羊水穿刺检查，一旦确诊需终止妊娠。
4、黄体功能不足：女性黄体功能不足在怀孕后可导致体内孕酮分泌减少，影响孕囊的正常发育，此类女性在孕前多有月经频发、经期延长等症状，需遵医嘱应用黄体酮胶囊、戊酸雌二醇、氯米芬等药物。
5、妇科疾病：如果女性本身患有妇科疾病，如子宫内膜炎、宫颈炎、阴道炎等，可影响孕囊着床和发育，同时可有腹痛、阴道分泌物增多等症状，需在医生指导下应用硝酸咪康唑栓、制霉素阴道栓、林可霉素等药物。
孕妇要定期产检，注意个人卫生，保持会阴部清洁，保持饮食清淡，不可进食辛辣刺激性食物。