基底节区和放射冠区的主要区别在于部位的不同，损伤后造成的影响不同。但两者都是脑结构的重要组成结构，若出现损伤，会对身体造成严重伤害。
1、部位不同：基底节区是指大脑壳核和丘脑部位，通常被内囊后肢所分隔，富含大量纤维血管，容易受到损伤并导致患者出现基底节区脑出血。而放射冠是指由内囊到大脑皮质间的放射状纤维白质，主要位于侧脑室体旁，发生于此处的梗死称为侧脑室体旁梗死，亦称为放射冠区梗死；
2、造成的影响不同：基底节区中风患者的继发性脑结构损伤，主要存在于病灶同侧的感觉运动皮层，通常会遗留有偏身瘫痪、偏盲、偏身感觉障碍等后遗症。而大脑皮质经侧脑室体旁放射冠区锥体束纤维，由前向后依次排列着支配头面部、上肢、躯干及下肢的运动。侧脑室体旁前部及前中部的梗死，主要表现为以上肢为主的瘫痪或上肢单瘫，且常伴有面瘫及构音障碍；侧脑室体旁中部及其邻近部位的梗死，主要表现为上下肢均等瘫；侧脑室体旁后部及中后部梗死，主要表现为以下肢为主的瘫痪或下肢单瘫，且多伴有感觉障碍。