在临床上，新生儿期疫苗接种部位主要有右上臂三角肌处肌内、大腿前外侧中部肌肉肌内以及左上臂三角肌中部略下处皮内，接种在哪个部位具体需根据接种疫苗来决定，具体情况可咨询主治医师。
1、右上臂三角肌处肌内：主要用于注射乙肝疫苗以预防乙肝病毒感染，通常在出生两三天后就可以注射；
2、大腿前外侧中部肌肉肌内：主要用于注射乙肝免疫球蛋白，乙肝免疫球蛋白是乙肝表面抗体，能够预防乙肝病毒感染。如果父母携带乙肝病毒，则新生儿需要接种乙肝免疫球蛋白；
3、左上臂三角肌中部略下处皮内：主要用于注射卡介苗，以预防肺结核。部分新生儿在接种卡介苗疫苗后会出现低热等症状，通常在两天左右会好转，家长不必过于担心。
接种疫苗前，家长应注意观察新生儿是否存在腹泻、发热、咳嗽等症状，如果存在则应待症状好转后再进行接种。在接种疫苗后，家长应带新生儿在医院留观半小时，如果新生儿没有出现不良反应再离开，并且在接种疫苗三天内尽量不要给新生儿洗澡。