异麦芽酮糖醇本身并不是一类有毒物质，亦没有研究表明异麦芽酮糖醇会对儿童及成人产生急性或者亚急性毒性。异麦芽酮糖醇为蔗糖经过酶转化等形成的一类糖的替代品，通过适当摄入能使人感觉到甜味，属于一类较好的甜味剂，适当地食用含有异麦芽酮糖醇的食物，并不会导致患者的血糖水平出现升高。而且在人体中进行代谢时，也不需要胰岛素进行参与，所以也比较适合糖尿病患者进食。
之所以有部分人认为异麦芽酮糖醇对儿童有一定危害，可能是因为异麦芽酮糖醇有一定的甜味，而儿童比较偏好进食甜食。当过量进食含有异麦芽酮糖醇的食物之后，可能会影响到其他食物的摄入，不利于营养均衡。由于儿童时期是生长、发育的关键时期，长期营养不均衡可能会在一定程度上导致营养不良，从而影响到儿童的正常生长、发育。