雾化器做完雾化后要及时清洗，可以预防或减少呼吸道感染。如果雾化器长时间不用，在使用前也应进行清洗、消毒，从而避免出现继发性感染。
雾化器使用后会有药物残留，又因接触患者的呼吸道，所以会受到呼出气体或分泌物的污染，容易导致细菌滋生、繁殖，所以雾化器使用后要注意清洁，特别是药盒、口含器、雾化面罩等部位，应全部用消毒液浸泡，浸泡后再用清水反复冲洗，晾干后备用。如果雾化器长时间不用，在使用之前也应进行清洗、消毒、晾干等操作，否则再次使用雾化器进行雾化吸入时，会将大量细菌吸入到患者的呼吸道、支气管、气管等部位，引起感染等情况。此外，雾化用药也应现配现用，不可一次性配制太多，因为雾化用药放置时间长了不仅会使药效降低，同样也会滋生细菌，不利于患者的身体健康。