洗牙器多在餐后使用，可以去除牙齿内的食物嵌塞、霉斑堆积。在使用洗牙器时，需要按照说明书的指导，将水槽内注满水或漱口水，将工作尖对准牙缝或牙龈线的位置，并调节合适的力度及频率，以免力量较大刺激牙神经。建议每天使用2-3次洗牙器，能够达到较好的维护口腔清洁的效果。
在使用洗牙器时，建议将机器放在颊侧的邻间隙，操作较为方便。如果从腭侧或者舌侧使用洗牙器，由于角度较大，会导致操作较为困难。另外，使用洗牙器后，要注意洗牙器的清洁和消毒，同时避免吃过冷、过热、刺激、辛辣的食物，如肥肉、火锅、咖啡、炸鸡等，应注意多吃新鲜的水果、蔬菜，如苹果、香蕉、胡萝卜、芹菜等，以免刺激牙神经，引起牙齿不适。
日常生活中，存在牙龈疾病的患者不能完全依靠洗牙器，要养成刷牙以及饭后漱口的习惯，只有长期保持口腔清洁卫生，才能够预防龋病、牙髓病、根尖周病等疾病。