跑步时肾疼与多种因素有关，可能是运动量过大、腰肌损伤引起的，还可能是肾盂肾炎、肾结石、肾下垂等疾病所致，建议及时前往肾病内科就医，积极配合医生进行治疗。
1、运动量过大：可能是由于跑步的运动量过大，并且没有及时补充水分，使得机体缺水，引起肾小球血管收缩，出现这种情况。对此建议适当放松，并减少运动量，还需增加饮水量，以改善情况。
2、腰肌损伤：部分人群可能在跑步时腰部活动过于剧烈，引起腰部肌肉发生无菌性炎症，建议使用热毛巾、热水袋等物品局部热敷20分钟，以减轻局部的疼痛。
3、肾盂肾炎：通常是由于病原菌侵袭，使得肾盂内发生炎性改变。而跑步使得血液循环加快，可能刺激肾脏血流，可有肿胀、疼痛的表现。建议每日饮水2000ml以上，以促进分泌物的排出。
4、肾结石：部分人群肾内存在小型结石，而跑步时带动肢体活动，结石有可能刺激肾盂黏膜或输尿管管口。对此应及时停止运动，并增加饮水，促进排尿，辅助结石的排出。
5、肾下垂：因肾脏位置的支持组织松弛，或遭受强烈的损伤，可能引起肾脏脱离原有的位置，表现为血尿和疼痛，建议适当休 息，使用腰带或肾托将肾脏固定于原有的位置。
除上述情况外，还可能是由于肾供血不足、肾囊肿破裂等情况所致，建议观察自身的尿液情况，并进行尿常规、肾功能等检查，由医生对结果进行解读，以确定情况。