针灸相对比较安全，尤其是对四肢穴位进行针灸，通常没有较大风险。但头面、颈部、胸背部等部位，存在一些风险较大的穴位，如果医生没有严格按照操作规程来进行针灸，则可能引起一定的危险。
1、头部：小孩囟门未闭合时，应注意避免在囟门附近进行针灸，以免伤及大脑；
2、颈部：颅颈交界处是风府穴和哑门穴，此处是颅颈交界的区域，下面是延髓，即呼吸心跳的中枢。应注意避免针灸此处，易造成延髓损伤，可能会导致局部髓内感染以及截瘫，甚至呼吸、心跳骤停，出现生命危险。另外也不建议深刺颅颈交界的风池穴，尤其是颈动脉附近的穴位，针灸时应注意避开动脉。另外针灸天突穴时要注意贴着胸骨，而不能垂直下刺或者两侧斜刺，否则容易损伤肺和气管；
3、面部：主要是眼眶内的穴位，如睛明穴、承泣穴、球后穴等，需要拨开眼球进行针灸，不易过深，否则可能存在一定的风险，但风险相对风府穴、哑门穴较低；
4、胸部和背部：注意不能深刺，只能斜刺、平刺，否则容易引起气胸；
5、肋下：患有肝脾肿大者需要注意，肋下位置应避免深刺。肝脾肿大以后超过肋下缘，针灸时可能会扎到肝脾，造成危害；
6、膀胱：治疗尿潴留时建议排空尿液再进行针灸，并且需要注意针灸深度，以免伤及膀胱。
因此针灸其他穴位通常风险较小，容易出现问题的部位主要是躯干和头颈部的穴位。因此，在进行上述部位的针灸时，医生需要特别注意操作规程，以避免出现严重的并发症和后遗症。