999感冒清热颗粒和999感冒灵在药物成分、性状、主治、禁忌、不良反应等方面存在显著区别。
1、药物成分：999感冒清热颗粒的主要成分包括薄荷、防风、柴胡、紫苏叶、葛根、桔梗、苦杏仁、白芷、苦地丁、芦根等，辅料为蔗糖、糊精。999感冒灵则主要由三叉苦、金盏银盘、野菊花、岗梅、咖啡因、对乙酰氨基酚、马来酸氯苯那敏等成分组成，辅料为蔗糖粉。
2、性状：999感冒清热颗粒为棕黄色的颗粒，味甜、微苦。999感冒灵则为浅棕色至深棕色的颗粒，同样味甜、微苦。
3、主治：999感冒清热颗粒主要用于风寒感冒、头痛发热、恶寒身痛、鼻流清涕、咳嗽咽干等症状。999感冒灵通常用于缓解因感冒引起的头痛、发热、鼻塞、流涕、咽痛等症状。
4、禁忌：999感冒清热颗粒运动员慎用，因为其含有某些成分可能影响比赛成绩。如果对该药物的成分过敏，也需要避免使用。999感冒灵含有西药成分，如对乙酰氨基酚，因此对其过敏的人群需要禁用。
5、不良反应：999感冒清热颗粒的不良反应尚不明确，但可能出现食欲不振、恶心呕吐等胃肠道不适，而999感冒灵颗粒偶见皮疹、荨麻疹及粒细胞减少等过敏反应，还可见困倦、嗜睡、口渴、虚弱感等副作用。
此外，两种药物在服用时都需要注意忌烟酒及辛辣、生冷、油腻食物，不宜在服药期间同时服用滋补性中药，儿童、孕妇、哺乳期妇女、年老体弱者及有慢性病严重者应在医师指导下服用。