眼莫名其妙的肿了还疼，可能与哭泣等生理性因素有关，也可能是病理性因素引起，比如过敏性结膜炎、睑腺炎、急性泪囊炎、角膜炎、角膜溃疡、青光眼等。如果症状持续不能缓解，建议患者尽早到正规医院就诊，明确诊断后，对症进行治疗。
一、生理性因素：
若是前一天晚上睡觉前长时间哭泣，导致眼睑皮下组织积聚较多的渗透液，再加上哭泣时频繁揉眼睛，可能会造成第二天眼莫名其妙的肿了，通常还伴有轻微的胀痛感。
二、病理性因素：
1、过敏性结膜炎：主要是由于眼睛接触到化妆品、花粉、尘螨等容易引起过敏的物体后，导致眼睛过敏，进而诱发过敏性结膜炎。在炎症的刺激作用下，可引起眼莫名其妙的肿了，还可伴有疼痛、流泪、眼睛瘙痒等表现；
2、睑腺炎：即麦粒肿，主要是由于眼睑部位的睑板腺或皮脂腺受到感染，诱发睑板腺炎，导致眼睛局部出现红色且疼痛的肿块，可表现为眼莫名其妙的肿了，还可伴有疼痛、流泪等表现；
3、急性泪囊炎：主要是由于泪囊部位受到溶血链球菌或金黄色葡萄球菌等病原菌感染，诱发了急性炎症，进而引起患侧眼莫名其妙的肿了还疼，并伴有流泪、睁眼困难等表现；
4、角膜炎：由于角膜受到细菌、病毒等病原菌感染，导致角膜部位产生炎症性反应，炎症刺激可导致眼莫名其妙的肿了，还可伴有疼痛、畏光、流泪等表现；
5、角膜溃疡：通常是由于角膜外伤合并感染，诱发角膜基层炎症。当坏死的角膜基质和上皮脱落，若未注意眼睛卫生，则可能会形成角膜溃疡，进而引起眼睛莫名其妙的肿了、疼痛，还可伴有畏光、流泪、眼红、异物感等表现；
6、青光眼：该病会导致患者眼压升高，尤其是急性发作期，眼压不断升高，往往会引起结膜充血水肿，可表现为眼莫名其妙的肿了、疼痛，还可伴有视力模糊、对光敏感、流泪等表现。