反复或者长期凌晨三点出现胃痛，可能为十二指肠溃疡、十二指肠炎、胃溃疡以及胆囊炎等疾病引起。建议前往消化内科就诊，进行血常规、查体等检查，明确原因后，采取适当的应对措施。
1、十二指肠溃疡：凌晨胃痛是十二指肠溃疡的典型症状，主要表现为凌晨胃痛或饥饿痛，与胃排空之后，胃酸刺激十二指肠黏膜有关，可以引起黏膜破损、溃疡，胃痛症状常会反复发作，导致一到凌晨三点胃就疼，并且常伴有幽门螺杆菌感染。确诊后，可以遵医嘱服用阿莫西林胶囊、克拉霉素胶囊、奥美拉唑肠溶胶囊等药物，既可以杀灭幽门螺杆菌，改善病情，还可以帮助缓解症状；
2、十二指肠炎：十二指肠炎和幽门螺杆菌感染、饮食不当等有关，常表现为腹痛、恶心、反酸、嗳气等症状，因为凌晨三点的时候胃肠道通常已经排空，胃酸可以直接刺激十二指肠，引起十二指肠黏膜水肿、糜烂，导致一到凌晨三点胃就疼。一般可以服用奥美拉唑肠溶胶囊、多潘立酮片、枸橼酸铋钾胶囊等药物进行治疗；
3、胃溃疡：胃溃疡的典型症状是饭后胃痛，饭后胃酸分泌增加，此时食物残渣和胃酸会对胃黏膜产生刺激性，从而出现胃痛症状。如果晚饭进食比较晚，在进食后，有可能在凌晨三点出现胃痛症状，常伴随胃胀、恶心、嗳气等症状。可以服用奥美拉唑肠溶胶囊、枸橼酸铋钾胶囊，同时配合阿莫西林胶囊，可以杀灭胃内细菌，改善病情；
4、胆囊炎：胆囊结石、感染、过度烟酒，可引发胆囊炎发作，如果晚餐或夜宵中的油腻食物过多，有可能会诱发胆囊炎，在夜间或凌晨三点出现胃疼，，并且患者常会有口苦、食欲不振、胃胀等症状。经胆囊B超确诊后，可以遵医嘱服用头孢克肟分散片、盐酸屈他维林片等药物治疗胆绞痛。