流式细胞检测是一种能够快速、敏感、准确分析细胞及微粒的细胞分析、分选的技术，可用于血液疾病诊断、淋巴细胞亚群分析、肿瘤标志物检测、异体器官移植治疗、辅助性T细胞及细胞因子检测。
1、血液疾病诊断：流式细胞检测通过对外周血细胞或骨细胞抗原表达的检测分析，对各种血液病的诊断、治疗、预后起重要作用。主要应用包括白血病、淋巴瘤免疫分析，微小残留病监测，阵发性睡眠性血红蛋白尿症诊断，造血干细胞CD34检测等。
2、淋巴细胞亚群分析：流式细胞检测是一种简便、快速检测淋巴细胞亚群的方法，通过检测淋巴细胞膜表面分化抗原(CD分子)，对各淋巴细胞亚群进行分析，计算出淋巴细胞各亚群的百分比，从而对人体细胞免疫状态进行评估。在某些病毒感染性疾病、血液病、原发性和继发性免疫缺陷病、肿瘤的疗效观察和预后判断上起着重要的指导作用。
3、肿瘤标志物检测：流式细胞检测在肿瘤学中的应用是临床医学中应用的最早一个领域。主要是荧光染料染色后对肿瘤细胞DNA进行分析以及对肿瘤相关标志物的检测。正常体细胞均具有较恒定的DNA二倍体含量，DNA二倍体含量改变以及DNA非整倍体细胞群出现，是细胞发生癌前病变或癌变的重要标志。
4、异体器官移植治疗：同种异体器官移植会发生排斥反应，受者对移植物的排斥是移植成功与否的主要因素。流式细胞检测在器官移植中占有重要地位，可用来判断供者与受者之间是否合适。
5、辅助性T细胞及细胞因子检测：辅助性T细胞根据其产生的细胞因子及功能的不同可分为Th1与Th2两大类。Th1细胞主要参与细胞免疫；Th2细胞主要参与体液免疫。两者相互调节、相互平衡，其平衡失调与多种疾病有关。应用流式细胞仪可检测细胞内细胞因子，也可用于CAR-T治疗(嵌合抗原受体T细胞免疫疗法)疗效评估。
流式细胞检测是一种非常有用的细胞分析方法，可用于多种生物医学研究领域，在微生物学、遗传学、分子生物学等领域也得到了广泛的应用。