扁平湿疣和尖锐湿疣的区别在于发病原因不同、好发部位不同、疾病性质不同、症状不同、治疗方法不同等。扁平湿疣和尖锐湿疣症状相似，应注意鉴别。
1、发病原因不同：扁平湿疣是由梅毒螺旋体引起的。尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引起的。
2、好发部位不同：扁平湿疣好发于肛周、外生殖器、会阴、腹股沟及股内侧等部位。尖锐湿疣常发生在外生殖器及肛门等部位，男性多见于龟头、冠状沟、包皮系带、尿道口、阴茎部、会阴，女性多见于大小阴唇、阴道口、阴蒂、阴道、子宫颈、会阴及肛周，少数患者可见于肛门生殖器以外部位（如口腔、腋窝、乳房、趾间等）。
3、疾病性质不同：扁平湿疣属于二期梅毒的一种皮肤表现，并不是单独的一个疾病。尖锐湿疣属于独立的一种疾病。
4、症状不同：扁平湿疣表现为肉红色或粉红色扁平丘疹或斑块，表面糜烂湿润或轻度结痂，呈单个或多个。尖锐湿疣会引起单个或多个散在的淡红色小丘疹，质地柔软，顶端尖锐，之后逐渐增多增大，可呈乳头状、菜花状、鸡冠状。疣体常呈白色、粉红色或污灰色，表面易发生糜烂，有渗液、浸渍及破溃。
5、治疗方法不同：扁平湿疣可遵医嘱使用青霉素V钾片、注射用头孢曲松钠等药物进行治疗。尖锐湿疣的患者可在医生指导下使用咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊、氟尿嘧啶乳膏等药物进行治疗。
此外，二者在检查方式、好发人群等方式也有一定不同。如果患者出现上述不适症状，应及时到皮肤科就诊，完善醋酸白试验、病理学检查、皮肤镜检查等，遵医嘱治疗。