睡觉时被呛醒，有可能是睡眠中姿势不当引起的，如仰卧位睡，较多的口水积聚在口腔流向咽部可能使人睡觉时被呛醒。此外，还可能是由多种病理因素引起，包括上呼吸道感染、反流性食管炎、脑血管病、喉返神经损伤等。
1、上呼吸道感染：如普通感冒、咽炎等，病原体感染引发炎症反应，受炎症因子刺激可以引起不同程度的咳嗽、咽部发痒、咽痛等症状，如果炎症刺激导致分泌物增多，可造成睡觉时被呛醒的情况发生。此外，对于感冒患者来说，如果鼻腔分泌物较多，也可在仰卧位时流至咽部引起呛咳，造成睡觉时被呛醒；
2、反流性食管炎：是以食管下括约肌功能障碍为主的胃食管动力障碍性疾病，胃十二指肠内容物反流入食管引起不适症状，典型症状有反流、烧心，病情严重时反流物刺激或损伤食管以外的组织或器官，可引起咽喉炎、慢性咳嗽等，患者在睡眠中胃酸反流刺激食管、咽部、口腔，进而引起呛咳表现，即睡觉时被呛醒。如果患者伴胸骨后或剑突下烧灼感，特别是在卧位加重时，建议去医院做食管镜检查，以明确诊断；
3、脑血管病：如脑梗死，常见于高血压、血脂异常的老年人，如果延髓部位梗死或双侧 大脑半球脑梗死，可引起球麻痹，导致出现饮水呛咳或吞咽困难，睡眠时口水难以吞咽，即出现睡觉时被呛醒的情况，病情严重时会影响呼吸功能；
4、喉返神经损伤：可见于甲状腺外伤、手术后，或者是食管、甲状腺的占位性病变，压迫喉返神经，可以有呛咳表现，出现睡觉时被呛醒的情况。