脑干损伤不能完全根治，但及时治疗预后情况较好。脑干受损会累及神经细胞，神经细胞一旦被破坏将无法完全恢复。临床常根据预后情况判断患者治疗效果，多受治疗时机、术后护理等因素影响。
1、预后较好：若脑干受损程度较轻，能及时被送医确诊，接受药物、手术治疗，熬过急性期则很可能苏醒并脱离危险，一般能够正常生活，这种情况下一般预后较好，但患者的肢体活动可能仍不方便，需要接受功能锻炼，平时注意多翻身拍背、保持导尿管清洁等，以免诱发术后并发症；
2、预后较差：若脑干损伤波及脑组织面积较大，受损神经较多、受损部位较关键，或未能得到及时医治，错过抢救最佳时间，则很可能昏迷不醒。此种情况下，若不注意术后护理，则可能诱发压疮、感染等，导致预后更差。
此外，若合并有颅内血肿，应及时行手术去除血肿，若合并有脑水肿、脑肿胀者，应遵医嘱用抗脑水肿、营养神经的药物等，如甘油果糖、维生素B1等，以控制病情发展。