制霉素和克霉唑都可以用于治疗真菌感染，具有较好的治疗效果。这两种药物之间不存在哪种药物好的说法，可以在医生的指导下根据自身具体情况选择药物进行治疗。
1、制霉素：也叫做制霉菌素，是一种多烯类抗生素，主要能够分泌一种抗真菌的物质，可用于治疗真菌感染导致的疾病，比如消化道真菌感染，或者皮肤真菌感染，也可以用于长期服用广谱抗生素所导致的真菌性二重感染。在临床上主要是通过口服制剂或者外用的制剂来给药，如制霉素片、硝呋太尔制霉菌素阴道软膏，可以达到较好的治疗效果。部分患者服用之后可能会发生一些不良反应，表现为恶心、呕吐、腹泻等消化道的症状，局部使用之后可能会引起过敏性或接触性皮炎，减量或者停药后能够逐渐消退；
2、克霉唑：是一种广谱抗真菌药物，对于多种真菌，尤其是白色念珠菌，具有较好的抗菌效果。在临床上可以用于浅表真菌感染以及一些深部真菌感染的治疗。可以用于皮肤霉菌病，以及真菌性肠炎、肺炎等，对于头癣无效。在临床上主要是通过口服制剂或者外用的制剂来给药，包括克霉唑片、复方克霉唑乳膏。部分患者使用之后的不良反应也是消化道 刺激，以及局部皮肤的过敏，出现接触性皮炎。
患者可以根据自身的疾病，在医生指导下规范地选择使用。