无痛肠镜和普通结肠镜价格一般情况下差300-500元。价格差异主要是无痛肠镜需要麻醉药品还有麻醉器械方面的收费。通常普通肠镜费用为200-400元，无痛肠镜为500-800元。
无痛肠镜需要通过给予静脉麻醉药物，如丙泊酚，搭配肌松药、镇静药物，如依托咪酯等。同时，术前需要护士建立输液通道，检查过程中需要麻醉师密切注意血压、心率、血氧饱和度等生命指征，检查完毕以后需要复苏。所以无痛肠镜价格会比普通肠镜检查价格高很多，患者根据个人情况来选择肠镜检查方式。
无痛肠镜操作全程患者是在麻醉状态下进行，患者没有知觉，不会感到腹胀、腹痛等消化道症状，也可以去除一部分患者的检查恐惧心理，优势明显。普通肠镜患者清醒状态下操作，可能需要患者忍受一定程度的腹胀、腹痛等症状，需要患者高度配合检查。