艾滋病初筛准确度通常比较高。艾滋病初筛主要是检查血液中的艾滋病抗体，而艾滋病初筛准确度与检测方法、检测试剂、检测时间、设备敏感程度有关。
艾滋病初筛常应用酶联免疫吸附剂测定的方法进行检测，检测准确度可达90%以上。如果使用三代的检测试剂，准确度可以达90%以上，如果是应用四代检测试剂，准确度可达95%。此外，艾滋病初筛准确度与检测时间有关，如果是在窗口期及发生高危行为后4-6周，进行艾滋病初筛，则假阴性率较高，如果避开艾滋病的窗口期，进行艾滋病抗体检测，则准确度较高。如果艾滋病初筛的设备较为先进，设备比较敏感时，则准确度会比较高。
艾滋病初筛出现阳性结果，通常提示患者感染艾滋病的可能性较大，但并非100%，因此建议患者到疾病预防控制中心，进行艾滋病的确认试验。艾滋病的确定试验，一般使用蛋白印迹法进行检测，如果结果为阳性，才能够确诊感染艾滋病。