鼻窦CT和鼻内镜是两种不同的检查手段，两者主要区别在于是否存在有辐射的情况，以及观察、应用需求等方面。具体使用哪种检查项目，需要由医生根据病情进行判断。
1、辐射不同：鼻窦CT是通过CT机器根据病情、诊断需要，对鼻部进行横断面或冠状位扫描，存在一定的辐射。而鼻内镜是将鼻内镜设备，从鼻腔内进入进行检查，一般没有辐射；
2、观察范围不同：鼻窦CT检查比较全面，可以观察到整个鼻窦，以及各个窦腔的病变。而鼻内窥镜只能看到鼻腔、鼻咽部病变，看不到鼻窦病变；
3、应用需求不同：如果有鼻窦病变，需要做鼻窦CT进行检查。如果只是单纯查看鼻中隔、鼻咽部，可以选择鼻内镜；
4、操作前准备不同：鼻窦CT不需要进行传染病检查，直接检查即可。但是做鼻内窥镜必须提前查传染病，避免病人之间有传染性疾病，而引起交叉感染。