咳嗽高烧39℃，可遵医嘱进行对症治疗，如药物治疗、物理治疗、止咳治疗，另外还需注意对因治疗，药物需在医生指导下使用，避免自行服药，以免出现不良反应。
一、对症治疗：
1、药物治疗：39℃属于高烧，需使用退烧药进行治疗，如布洛芬混悬液、对乙酰氨基酚等药物，可改善发烧的症状；
2、物理退烧：除使用药物外，还可通过物理的方法退烧，可用热毛巾擦拭前胸、后背、腹股沟、腋下等部位，能起到散热的作用，也可在额头处使用退热贴，同时多喝温水，帮助身体代谢；
3、止咳治疗：如出现咳嗽剧烈的情况，影响到正常休息，可遵医嘱使用止咳药物缓解不适，如复方甘草含片、川贝止咳糖浆等，也可使用氢溴酸右美沙芬、盐酸溴己新、盐酸氨溴索等药物，可缓解不适症状。
二、对因治疗：
咳嗽发烧可能是感冒、支气管炎等疾病引起，需针对原发疾病进行治疗，可使用头孢地尼胶囊、阿莫西林胶囊等药物，促进炎症消退，在病情得到控制以后，咳嗽发烧的症状也会得到缓解，也能够避免反复发作。
发烧后可能会引起身体乏力、精神不振等不适症状，在治疗期间应注意休息， 保持清淡饮食，避免吃辛辣、刺激性食物，可增加水分的摄入，有利于疾病恢复。