通常遵医嘱吃六神曲不会伤肝，但是患者过量吃六神曲可能会伤肝，患者出现药物适应证时，可以在中医内科医生指导下，遵医嘱规范用药，但不可以擅自服用药物，以免用药不当，对身体健康造成影响。
六神曲为中药名，通常是由辣蓼、青蒿、杏仁等药物，在一起配伍以后，然后适当加入一些面粉或麸皮混合后，经过发酵制成的曲剂。六神曲味甘、辛，性温，可以入肝、胃经，具有消食、和胃的功效，主要可以用于治疗饮食积滞所导致的腹痛、腹胀、反酸、食欲不振、腹泻等症状。如果患者出现饮食积滞的情况，用药以后，能够起到健脾开胃的效果。
如果患者遵医嘱服用六神曲药物，通常不会引起明显的副作用，疗效较好，而且用药比较安全，此药物并不具有毒性，正常服用以后，通常不会对肝脏造成损害。由于药物需要通过肝脏代谢，如果患者过量吃六神曲，可能会导致肝脏损伤，甚至会出现肝功能下降，因此患者应在医生指导下进行服用，出现任何不良反应，应及时就医。
患者在用药时，需要在中医医生的脉诊辨证以后，遵医嘱对症服用，不可以擅自盲目用药，如果用药不对症或者服用药物过量，也会对身体健康造成一定影响。患者在服用药物期间，应注意饮食清淡，避免吃油腻，以及辛辣的食物，如肥肉、辣椒等，同时还应禁止吸烟、喝酒，以免影响身体恢复。