根尖囊肿通常是由于龋齿、牙齿外伤等原因，导致牙神经露出，由于没有得到及时治疗，病变进一步发展为根尖周炎，病变部位不断渗出炎性分泌物，并被周围组织包裹而形成。根尖囊肿该怎么治疗，需要根据患者的具体情况决定。
如果根尖囊肿患者的患牙状况较差，仅有少部分残根，且患牙没有保留价值，通常可以在拔除患牙的同时将根尖囊肿刮除，并遵医嘱使用抗生素控制炎症，常见药物包括人工牛黄甲硝唑胶囊、头孢克肟片等。
如果患牙本身还有保留价值，仅发生龋坏，患牙没有松动迹象，通常可以根据囊肿大小决定治疗方案。如果根尖囊肿较小，可直接进行根管治疗，对患牙根管进行清理、消毒、填充等治疗。如果进行根管治疗后，患牙疼痛症状消失，但是根尖囊肿一直有，考虑存在瘘管，通常需进行手术将根尖囊肿刮除治疗。若根尖囊肿本身较大，需要先手术处理囊肿，然后再根据情况考虑是否进行根管治疗。