核磁共振检查不是放射性检查，对人体没有明显的副作用，但在检查过程中，由于环境封闭，可能会对患者心理产生一定的影响，同时若患者体质敏感，还容易产生耳鸣、过敏等症状。此外，由于核磁共振检查有明确的禁忌证，如果检查前没有向医生交代清楚，则可能对身体产生一些不良影响。
1、恐惧感：核磁共振检查可应用于全身各系统的成像诊断，检查时需要患者除去身上所有金属物品，将身体置于检查舱内。由于检查环境密闭，时间较长，会对患者造成一定压迫感，不自主出现紧张、恐惧、焦躁等心理变化。如果患者本身患有幽闭恐惧症，可能会加重恐惧感，部分严重患者还会出现心悸、胸闷、颤抖，甚至晕厥等现象。一般在离开核磁共振检查的封闭环境后，症状逐渐缓解；
2、耳鸣：核磁共振检查噪音较大，虽然在检查前会给患者耳朵塞棉球减轻噪音，但部分敏感患者还是有可能会产生耳鸣等不适感，但不会影响听力。在检查结束后，这种症状即可消失；
3、过敏：如果患者体质较为敏感，对辅助检查的造影剂发生过敏，可出现皮肤红肿、瘙痒等不适症状。此时可以在专业医生指导下，通过服用抗过敏药物进行治疗，如氯雷他定、地塞米松；
4、其他：如果患者没有严格遵循核磁共振检查的规则，本身存在禁忌证，可能造成一些不良后果。如本身安装人工心脏起搏器，进入检查舱内，核磁共振可产生一定热能，对起搏器及心脏造成损伤。
此外，为了防止核磁共振检查对身体造成不良影响，需要明确其禁忌证，禁忌人群包括安装人工心脏起搏器及神经刺激器者，颅内有银夹或眼球内有金属异物者，做过心脏手术带有人工心瓣膜者，妊娠前三个月以及各种危重症患者，如发生外伤或意外发生后出现昏迷、躁动、心律失常、呼吸功能不全等患者。