新的雾化器第一次使用要消毒，建议对管道雾化杯和面罩进行清洁消毒，雾化器的外部擦拭干净即可，内部电子零件不需要消毒处理。一定要注意卫生清洁，以免出现细菌感染的情况。
雾化器主要用于治疗各种上下呼吸道疾病，新的雾化器一般应进行适当的消毒后再使用。通常需要对雾化器中管道雾化杯和面罩进行消毒，因为这是直接接触药物和使用者的部位，如果里面含有较多细菌等病原微生物，雾化过程中容易吸入肺内、气管，导致感染，影响健康。消毒剂可以选用75%酒精，杀灭病原微生物的作用更强，如果没有以上消毒剂，也可以用流动的清水清洗。
雾化器的主机外部可以用酒精或是湿毛巾擦拭干净，晾干即可，不能用水冲洗主机，其内部也无需消毒，否则可能会损坏其中的零件。另外，雾化器的雾化面罩不能交叉使用，以免造成感染。需要注意的是，每次使用完雾化器也要洗净、晾干，预防细菌滋生。当长期不使用雾化器时，更要注意对雾化器进行清洗护理，将雾化器进行杀菌，清洗干净后保证雾化器绝对干燥后再小心存放。
在使用雾化器前需要到医院呼吸内科就诊，经过听诊、痰细菌培养等检查后明确 诊断，要按照操作规范来使用，并且雾化药物要在医生的指导下使用。