疱疹性咽峡炎和手足口病不是同一种疾病，所以并不一样。但是，疱疹性咽峡炎和手足口病存在一定的共同点，以及部分不同点。当无法明确是哪一种疾病时，建议及时到医院就诊，在医生指导下进行相关检查，明确诊断并治疗。
一、共同点：
疱疹性咽峡炎和手足口病都是病毒感染造成，而且均属于同一类病毒，常见于柯萨奇病毒、埃可病毒、肠道病毒，所以疾病治疗方面，在原则上也大致相同。对于大多数病毒感染，在没有特效抗病毒药的情况下，主要治疗为增加免疫力、充足的休息，以及营养支持治疗。如果出现重症并发症产生器官损伤，如重症肺炎、脑炎等，就需要针对相应并发症给予治疗。
二、不同点：
1、传播途径不同：疱疹性咽峡炎是以消化道传播、呼吸道传播为主要传播途径，而手足口病以密切接触为主要传播途径；
2、症状不同：疱疹性咽峡炎和手足口病的主要不同点为临床症状不同，疱疹性咽峡炎主要是在咽喉部出现疱疹，没有其他地方的改变，而手足口病除有咽喉部位的症状外，还有口周、手脚、肛周等，都会出现皮疹、疱疹样的改变。