核酸检测可以查DNA，也可以查RNA，主要取决于病毒的遗传物质是DNA还是RNA。如果检测的是DNA病毒，如乙肝病毒，核酸检测查的是DNA。如果是RNA病毒，如新型冠状病毒，则需要查RNA。
1、DNA：DNA病毒的遗传物质是DNA，因而称为DNA病毒，临床常见的DNA病毒有乙肝病毒、疱疹病毒、巨细胞病毒等。DNA病毒大多为双链病毒，许多肿瘤疾病与DNA病毒感染相关，如EB病毒可导致鼻咽癌，而乙肝病毒与肝细胞癌有关；
2、RNA：RNA病毒的遗传物质是RNA，临床常见类型包括甲型流感病毒、艾滋病病毒、埃博拉病毒、新型冠状病毒等。RNA病毒是自我复制和逆转录两种方式的病毒，病毒RNA在复制过程中变异很快。相较于DNA病毒，RNA病毒更容易致病，导致的疾病也更严重，并且更容易突变。但由于大部分RNA病毒的抵抗力比DNA病毒弱，因此治愈也相对容易。
核酸检测是针对DNA或RNA内某一段特定的基因序列定位后，进行的对比筛查，可能会出现假阳性或假阴性的情况，如新型冠状病毒检测结果可能会受多种因素影响，疑似感染者可以配合进行抗体检测，辅助进行疾病诊断。