出现男性双肾疼，其发生的原因非常复杂，不仅仅局限于泌尿系统疾病，如上尿道疾病、下尿道疾病，还可能出现了骨科疾病、消化系统疾病等，应尽早就医诊断并治疗。
1、上尿道疾病：如肾结石、肾囊肿、急慢性肾小球肾炎等，都会造成男性双肾疼。如双肾有肾结石时，随着人体日常活动，结石可能会触及周围组织或黏膜，就会对双肾产生刺激，引起疼痛。肾囊肿较大时，会对肾脏造成压迫，使肾包膜受到牵拉，从而会引起疼痛的症状。急慢性肾小球肾炎由于肾脏体积增大，包膜受到牵拉，也会造成男性双肾疼的症状；
2、下尿道疾病：如双侧输尿管梗阻、下尿路梗阻性的病变等，也会导致男性双肾疼。如双侧输尿管梗阻，尿液排出不畅，会造成男性双侧肾脏积水，从而造成男性双肾疼的发生；
3、骨科疾病：如果存在腰椎间盘突出或者腰肌劳损的时候，可能会出现男性双侧肾区的疼痛不适，导致误以为是双肾疼；
4、消化系统疾病：尤其是胃肠道的疾病，如肠胃炎，炎症扩散到肾脏引起肾炎，也会间接引起男性双肾疼。