复方胃蛋白酶散冲水或者干吃均可以，均不会影响复方蛋白酶散的药效，相对冲水时更易服用，但需要注意避免使用温度过高的水冲，以免导致药物失效。
复方胃蛋白酶散属于一种助消化药物，主要成分包含胃蛋白酶、山药、山楂等，其中主要发挥助消化作用的成分为胃蛋白酶，属于一种胃消化酶，具有消化分解蛋白质的作用。而其他成分如山楂、山药等，富含维生素和膳食纤维，可以促进肠道蠕动，临床上复方胃蛋白酶散主要适用于改善儿童消化不良的症状。一般来讲，复方胃蛋白酶散为颗粒状，冲水服用或者干吃均可以，相对冲水服用更易下咽，但需要注意避免使用温度过高的水。因胃蛋白酶本质是一种蛋白质，遇到高温会使蛋白质变性进而导致药物失效，冲水温度尽量保持在45℃左右。
根据临床调查研究来看，复方胃蛋白酶散不良反应较少，婴幼儿、孕妇皆可服用，但出于对健康的考虑，建议在使用前向医生说明自身情况，得到医生许可后再用药。