补牙过程中牙齿里面塞的棉花一般是蘸取了药液的棉球或棉捻，通过在牙齿窝洞内的停留，起到杀灭神经或者髓腔消毒的目的，一般是作为药物载体存在，保证药物能够在特定的位置发挥作用，主要应用在根管治疗的治疗过程中。
根管治疗是治疗牙髓病的主要手段，一般治疗分为牙髓失活、根管预备、髓腔消毒、根管充填、牙体充填或者修复治疗这几个过程。而在牙髓失活和髓腔消毒这两个步骤中，需要将药棉暂封在牙齿内部，起到杀灭牙髓活力和消毒髓腔的目的。
牙髓炎会使患者产生比较剧烈的自发性疼痛，需要及时进行根管治疗，而第一步就是牙髓失活，虽然也有医生会采用局麻下直接拔髓的方法，但这种方法不如将无砷失活剂缠绕在棉球上，置于穿髓孔的位置，使药物和牙髓发生缓慢的作用，一般一个星期就能够起到杀灭牙髓的效果。
而经过根管预备后，需要给髓腔建立一个无菌的环境，这时一般用棉球或者棉捻，蘸取氢氧化钙糊剂，封闭于牙髓腔和根管内部，两周即可起到髓腔消毒的目的，这也是保证根管治疗成功的关键。术后再根据牙齿缺损的面积大小，决定直接进行树脂充填还是冠修复治疗。