导致新生儿水便分离的原因主要有生理性原因和病理性原因，病理性原因主要包括肠道感染和消化不良等。
一、生理性原因：
水便分离的现象多见于母乳喂养的新生儿，母乳中90%的成分是水，并且母乳的成分较容易被消化吸收。大部分母乳经过新生儿的肠道后被吸收，从而形成的食物残渣较少，所以大便就会表现为粪质较少，水分相对较多，出现水便分离的情况，这是一种正常现象。此时如果婴儿的状态良好，吃奶较好且大便次数没有明显增加，体重增长正常，则不需过多处理，细心观察便可。
二、病理性原因：
1、肠道感染：病毒或细菌感染引起肠炎，会导致肠道吸收功能下降，严重时还会导致肠道水肿，食物没有被完全吸收，也会造成水便分离，有时还会有黏液和脓血便。新生儿常伴有全身症状，如发烧、精神状态差、呕吐、大便次数明显增多、尿量减少、脱水等。应积极治疗肠炎，可遵医嘱使用双歧杆菌四联活菌散等药物；
2、消化不良：新生儿出生以后，各器官和系统功能没有完全发育成熟，尤其是胃肠道功能，但这时生长又需要大量的营养物质。此时若有着凉、喂养不当等诱因，就容易导致消 化不良。消化不良可以表现为腹胀、腹痛、呕吐、哭闹、腹泻、大便有奶瓣或者是水便分离等现象，此时可以应用消化酶、益生菌类药物来调整肠道功能，改善症状。