益生菌通常能与咖啡一起喝，但需要注意的是，失眠患者应避免饮用咖啡，以免使自身的失眠症状加重。
益生菌和咖啡混合后饮用，并不会产生相互作用，所以不会出现毒副作用，更不会影响身体健康。此外，即使将益生菌和咖啡混合饮用，二者各自效果的发挥也不会受到影响，因此可以在一起喝。但需要注意的是，若自身有入睡困难、失眠等情况，建议避免睡前饮用咖啡，以免使睡眠质量受到严重影响。
益生菌主要指无毒性、无致病性的、达到一定数量时能够对宿主健康提供有益作用的活体微生物，益生菌通常分为双歧杆菌、乳杆菌，以及革兰氏阳性球菌3类。益生菌在进入体内后，可促进胃肠道的消化功能，对于消化不良等不适症状有一定改善作用。咖啡中含有较多咖啡因，该成分主要作用于大脑皮质高位的中枢，可以提高大脑对外界的感应性，对于兴奋精神、改善思维、消除疲劳、减轻睡意有一定作用。
若自身对于咖啡中的成分过敏，建议避免饮用咖啡，若不慎饮用并出现了呕吐、皮肤瘙痒、起皮疹等不适症状，建议及时前往医院消化内科或皮肤科就诊，完善视诊等检查后，可涂抹炉甘石洗剂进行止痒治疗。