半夜尿憋醒两侧肾胀痛可能是生理性原因或病理性原因所致。建议及时到医院就诊，通过检查明确原因，然后进行针对性治疗。
一、生理性原因：
生理性原因通常是指患者在半夜憋尿期间，增多的尿液会使膀胱内的压力增高，并且伴有肾盂压力过大，容易刺激神经和血管后出现两侧肾胀痛症状。一般不需要做特殊的治疗，在排尿以后疼痛症状会减轻或消失。
二、病理性原因：
1、尿路感染：尿路感染通常包括肾脏感染、膀胱感染、尿道感染，肾脏感染后会引起肾小球肾炎或者肾盂肾炎。肾小球肾炎或者肾盂肾炎容易导致肾脏黏膜充血，憋尿时尿液增多会刺激损伤的黏膜，使患者出现两侧肾胀痛。肾脏出现感染性炎症以后，可以通过使用抗生素药物进行治疗，比如阿莫西林胶囊或者青霉素V钾胶囊；
2、肾脏结石：肾脏结石一般是指肾脏内出现尿酸盐或者钙酸盐沉淀物，在结石体积比较大的情况下会导致肾脏黏膜受损，也会引起肾脏梗阻。如果患者在半夜被尿憋醒，增多的尿液会刺激损伤的肾脏黏膜，使患者出现两侧肾脏胀痛的感觉。可以通过超声检查明确诊断，然后选择激光碎石的方式治疗，也可 以使用手术取石的方式进行治疗。
此外，如果患者在半夜被尿憋醒后，出现两侧肾胀痛，建议到医院配合医生做尿检和尿道彩超检查，也需要做前列腺液和前列腺彩超检查，可以诊断出具体原因。