艾滋病是由艾滋病毒感染所引起，因此只能使用针对艾滋病毒的抗病毒药物进行治疗。普通抗生素如红霉素、四环素等，均为针对细菌感染的治疗药物，主要是抑制或杀灭细菌。因此，针对于艾滋病本身而言，通常使用抗生素无效，但若艾滋病患者合并细菌感染，可酌情使用抗生素进行治疗，通常有一定的缓解作用。
病毒和细菌的结构完全不同，病毒的结构较为简单，如艾滋病毒，只是由核心的核苷和外围的蛋白质包壳所组成，属于无细胞结构的生物，而细菌是一种原核细胞生物，具有细胞的组织结构。抗生素主要是针对细胞的相应结构产生作用，如青霉素针对细胞壁产生抑制作用，红霉素、四环素是针对细胞里面的蛋白合成核糖体起作用。但由于艾滋病毒中并无上述结构，因此使用抗生素治疗艾滋病相对效果不佳，故不用抗生素治疗。
但艾滋病患者可能会由于免疫力下降而合并细菌感染，包括肺部感染、胃肠道感染、皮肤感染等，此时可以使用抗生素进行治疗。但对于艾滋病本身，抗生素无法起到治疗作用，只能选择针对艾滋病毒的病毒核苷转入、蛋白组装整合等环节，选择特异性的抗病毒药物，包括硫酸阿巴卡韦、多替拉韦钠、 利匹韦林等进行治疗。