目前尚无研究证明咖啡灌肠的效果，因此不建议使用咖啡灌肠，也不存在咖啡灌肠可以治疗哪些疾病的说法。灌肠可以治疗便秘、溃疡性结肠炎等疾病，也可以在肠道手术前进行清洁灌肠，避免出现感染等情况。
灌肠是一种治疗方法，主要是将液体倒灌入肛门，当液体在体内达到一定量时，人体开始有排便的欲望，倒入体内的液体将与体内的大便混合，从而促使大便排出体外。由于没有相关的研究证实咖啡灌肠的效果，所以不建议使用咖啡灌肠。当便秘的患者伴有粪便嵌顿、排便障碍时，可在医务人员指导下进行灌肠治疗，可以使用肥皂水灌肠，有利于缓解便秘的症状。如果存在溃疡性结肠炎、放射性肠炎等疾病，也可以在医生指导下进行灌肠，一般需要用美沙拉秦灌肠液，让药物被直肠黏膜吸收，起到一定治疗效果。如果需要进行肠道手术，也应在手术前进行灌肠，促进粪便排泄，防止手术中出现感染。
无论是使用灌肠治疗什么疾病，均应由医务人员进行操作，患者不可自行操作，防止损伤肛门或肠道黏膜，使疾病加重。在灌肠期间应以清淡饮食为主，不可食用刺激性食物，防止对肠道产生刺激。