三周岁宝宝囟门已闭合但凹陷，可能是因为脑膜炎引起，也有可能是由小儿脑积水导致，或者是由维生素D缺乏性佝偻病造成，需要根据发病原因选择适合的治疗方法。
1、脑膜炎：脑膜炎是由病原微生物感染造成，而且当天气寒冷或者是免疫力低下时，也有可能会引发脑膜炎，出现剧烈头痛、意识障碍、打寒战以及发热等症状，当头痛没有恢复时，可能会造成三周岁宝宝囟门已闭合但凹陷，可以在医生指导下使用药物治疗，如头孢曲松钠、阿昔洛韦等；
2、小儿脑积水：考虑与先天畸形以及感染等因素有关，患病以后会导致头围逐渐增大，当头围增大到一定程度后可能会引起三周岁宝宝囟门已闭合但凹陷。无论何种原因引起的小儿脑积水，均以手术治疗为主，比如脑脊液分流术。同时可酌情选用脱水或利尿药缓解症状，如甘露醇、氢氯噻嗪；
3、维生素D缺乏性佝偻病：可能是由于维生素D摄入不足引起，患病以后会出现多汗、心情烦躁以及肌肉松弛等症状，也可能会引发三周岁宝宝囟门已闭合但凹陷。可以服用维生素AD滴剂治疗，并适当补充钙剂，如葡萄糖酸钙口服溶液。日常适当吃一些富含钙质的食物，如牛奶、豆制品。