果蝇爬过的食物不建议再吃，因为果蝇虽然在通常情况下不传播细菌等微生物，对人体害处较小，但是也可能会存在一些风险性，且果蝇爬过的食物可导致心理上产生不适感，所以建议尽量不要再吃。
果蝇虽然不同于普通的苍蝇，幼虫从出生到成长多在无污染的环境中，但是果蝇喜欢以腐烂的水果等为食，故也可能会携带部分致病菌。因此，若吃果蝇爬过的食物后，可能会出现腹痛、腹泻等不适症状，因此建议尽量加以避免。同时果蝇可能会在食物上产卵，此时再吃，也可能对机体产生不良影响。
另外，部分人可能无法区分果蝇和普通苍蝇，将普通苍蝇误以为果蝇，所以安全起见，建议果蝇爬过的食物尽量不要再吃。若不慎吃了以后，也无需过于担心，可先观察有无明显不适，必要时就医处理。