一般情况下，按照常规量喝咖啡不会导致大便变黑，因为食物中适量的色素会被机体吸收，而不会出现在大便中，或者仅会少量出现在大便中。但是饮用过多、过浓的咖啡时，色素可能无法被完全吸收，就会导致色素存在于大便中，而出现大便变黑的情况。
在临床上发现患者大便变黑时，还要警惕是否存在消化道出血。血液中的铁离子大量出现在大便中，可使患者出现发亮的黑便，称为柏油样便。另外，如果吃较多猪血、鸭血等食物，也会因为大便中铁离子增加，而出现大便发黑的情况。部分人群可能需使用铋剂来杀灭幽门螺杆菌，如果大量铋离子经肠道排出时混入大便，也会导致大便颜色发黑，但此时的黑色大便一般没有光泽。
如果想要明确导致大便变黑的原因，可以到医院通过大便潜血试验明确。此检查使用单克隆技术，而单克隆技术仅针对红细胞才有反应，对动物血液没有反应，因此通过单克隆技术大便潜血检查可以明确大便变黑的具体原因。如果存在消化道出血，建议患者在医生指导下进行治疗，否则可能会导致贫血等严重问题的出现。