牙粉本身没有较大的危害，但相对于牙膏而言，可能更容易磨损牙体，造成牙龈神经敏感。此外，在使用方式、作用效果方面，可能具有一定的缺点。
牙粉为粉状，摩擦力较大，经常使用牙粉刷牙，可能会导致牙体牙釉质磨损，容易出现楔状缺损、横沟等。由于牙体受损牙釉质被破坏，导致牙齿表面粗糙，容易残留食物残渣，引起细菌滋生造成龋齿。同时，牙釉质损害、牙龈神经敏感等，容易受到冷热刺激，产生疼痛等症状。此外，由于牙粉不像牙膏的质地是膏状，在使用时不易掌握用量，且需要在湿润的状态下才能蘸取，在牙齿表面溶解清除牙菌斑，在使用、携带方面存在一定不便。牙粉中较难添加一些含有功效成分的物质，仅能起到清洁口腔、清新口气的作用，而对于抑菌抗炎、抗过敏等方面，没有较大作用。
如果需要清洁牙齿，建议去正规医院的口腔科进行洗牙。此外，在日常生活中，注意牙齿的卫生清洁，注意规范的刷牙、漱口，可以有效避免口腔疾病的发生。