免钉胶有一定毒性，其粘结能力较强，在干固后可超越铁钉的固定力度。但其主要成分为脲醛树脂，会释放甲醛、苯系物，虽然释放的甲醛、苯系物较其他工业胶水少，但在使用不当时也可对人体产生一定危害。
如果长时间吸入免钉胶挥发的甲醛、苯系物，会引起支气管哮喘、皮肤过敏、血液病等疾病。所以在房屋装修后室内应至少通风半年，并且装修时应尽量选择正规品牌的免钉胶，施工时需戴好防护目镜和手套，并保证室内通风良好。由于其具有刺激性及粘合性，如有皮肤、眼睛黏膜不慎接触，会引起损伤。应立即用大量清水冲洗，并及时去往就近医院治疗。
此外，与其他有机胶水类似，免钉胶误服后死亡率较高，应及时就诊医院治疗，平时应将料罐放在儿童触及不到的地方。另外免钉胶属于易燃物品，存放时应放在远离明火、高热的地方，避免阳光暴晒瓶体，防止火灾、爆炸。在选用免钉胶时，要选择大品牌，确保材料的安全性，使用时注意阅读说明书，防止危险事件的发生。