沙眼衣原体阳性通过及时、正规的临床治疗能达到彻底治愈的目的。沙眼衣原体阳性说明患者受到了沙眼衣原体的感染，沙眼衣原体感染的部位不同，临床处理和预后也会有所差别，临床常见沙眼衣原体可感染的部位有眼部和泌尿生殖系统：
1、眼部：感染眼部时可产生沙眼，此类患者急性期时可遵医嘱口服阿奇霉素进行治疗，同时可以局部使用红霉素眼膏、左氧氟沙星滴眼液、利福平滴眼液等，帮助清除沙眼衣原体感染。并注意保证眼部清洁，不用手刺激、揉搓眼睛，毛巾等贴身物品使用后及时清洗、晾晒，避免出现反复感染的情况，一般经过全疗程的规范治疗后可彻底治愈。但如果存在反复感染，可能会出现迁延不愈的情况；
2、泌尿生殖器官：如尿道炎、子宫内膜炎、输卵管炎、性病淋巴肉芽肿等，常用药物包括四环素、红霉素、多西环素、阿奇霉素等。注意此类疾病与性生活不洁有关，需要性伴侣同时接受检查和治疗，否则容易二次感染，不易根治。在治疗的同时建议暂停同房，保证患病部位的清洁、干燥，经常用热水烫洗内裤等贴身衣服，并进行晾晒，有助于减少沙眼衣原体的传播。通常通过足量、足疗程的治疗可以彻底治愈。
沙眼衣原体是较为常见的致病菌，感染后患者无需过度担心，积极配合医生进行治疗，并注意个人卫生，预防复发，大多数患者治疗后可达痊愈的程度。