抗结核治疗应遵循早期、规律、全程、适量、联合五项原则，根据不同的结核病类型，需要的时间也有所不同，大致时间为9-20个月。
一、初治肺结核的治疗：
总疗程一般需要9-12个月，其中强化期2-3个月，即采用强有力的抗结核药物联合治疗，以期尽快杀灭生长活跃的结核分枝杆菌。巩固期4个月，即在前2-3个月治疗后结核杆菌基本消灭，仍剩下一些菌类需进行去除，即总疗程为9-12个月。初治强化期结合痰涂片结果调整强化期、巩固期及总疗程的时间对粟粒型肺结核上述方案疗程可适当延长，不采用间歇治疗方案的强化期治疗时间为3个月。而后再调整具体用药，服用4-9个月进行巩固治疗，防止病情复发。
二、复治肺结核的治疗：
总疗程可为12-16个月，强化期需要口服抗结核药物2个月，巩固期需要口服抗结核药物治疗4个月。若患者此时的痰菌仍然未转阴性，可继续延长治疗期6-10个月，总疗程可为12-16个月。复治患者应做药敏试验，对于化疗无效的复治排菌病例可参考耐多药肺结核化疗方案并根据药敏试验加以调整。
三、耐多药肺结核的治疗：
总治疗期为20个月或更长， 需采用多药联合最强方案，药物最好根据药敏试验进行个体化治疗，加强期应为9-12个月，总治疗期为20个月或更长，建议住院条件下直接观察治疗至痰菌阴性后2个月。