环孢素滴眼液一般不可以长期使用，环孢素滴眼液需要在医生的指导下按照疗程用药。患者不要私自增加用药的疗程，以免对眼部造成负担。
环孢素滴眼液多在眼角膜移植手术后和糖皮质激素类药物联用，起到预防和治疗免疫排斥反应的效果。环孢素滴眼液属于对症治疗药物，只可以用于治疗免疫排斥反应，不能长期用药，以免用药过多而出现过度抑制的现象。还可能会对眼部造成刺激，使患者出现眼部不适，如角膜上皮缺损、角膜上皮点状病或眼周皮炎等，一般停药后会自行缓解。另外如果长期使用环孢素滴眼液，可能会产生耐药性，过度使用环孢素滴眼液，可能会产生药物依赖性。环孢素滴眼液的有效成分为环孢素，具有一定的肾毒性，随着用药剂量和用药时间增加，对肾的损伤也会增大，可能会出现尿量减少、泡沫尿等症状。
环孢素滴眼液为油溶液，使用时需要将药物的瓶口与眼部垂直，使药液直接滴入眼内，避免药物瓶口接触眼部或药液挂留在瓶口部位。怀孕期以及哺乳期的患者不能用药，以免对胎儿或者婴儿造成影响，对环孢素过敏的患者也不能用药。